No ano de 2038, uma série de catástrofe de desastres naturais caiu sobre a cidade de Skylinder City, deixando milhares de pessoas mortas. Como também, este mesmo desastre foi o causador do Vírus Syp9, segundo à Trytech.
Depois de ter perdido a esposa em um desastre natural, Christopher vê-se numa situação encurralada quando descobre que a sua única filha é portadora do Vírus Syp9.